企业旗底色为蔚蓝色，象征蓝色海洋；三道水线象征黑龙江、松花江和乌苏里江三江水域；三道水线将蓝色旗面分为四块，象征四海；中心为红色企业徽标志，象征龙航集团这艘巨轮在三江四海驰骋；旗面整体象征黑龙江航运业勇于开拓，大胆创新，对未来发展的美好憧憬。